Rumah Umum Daerah Tugu Koja berdiri pada 1 April 2015, dimana sebelumnya bangunan yang saat ini menjadi Rumah Sakit Umum Daerah Tugu Koja adalah merupakan bangunan Pusat Kesehatan Masyarakat (Puskesmas) Kecamatan Koja yang kemudian dirubah menjadi Rumah Sakit Umum Kecamatan Koja melalui Keputusan Gubernur Provinsi Daerah Khusus Ibukota Jakarta Nomor 1024 Tahun 2014 Tentang Penetapan Pusat Kesehatan Masyarakat Kecamatan Menjadi Rumah Sakit Umum Kelas D.

Setelah ditetapkan menjadi Rumah Sakit Umum Kelas D, Rumah Sakit Umum Kelas D Koja juga ditetapkan sebagai Unit Pelaksana Teknis Yang Menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah Secara Bertahap melalui Keputusan Gubernur Nomor 902 Tahun 2015.

Pada Mei 2017, Rumah Sakit Umum Kelas D Koja berubah nama menjadi Rumah Sakit Umum Daerah Tugu Koja melalui Keputusan Gubernur Provinsi DKI Jakarta Nomor 993 Tahun 2017.

• Terkareditasi PARIPURNA oleh LARS DHP
• Fasilitas memadai untuk RSUD Tipe C
• Memiliki sumber daya yang handal dan pengalaman dibidangnya